Épisode 1
Alors que l'unité Scorpion est chargée d'empêcher un satellite de s'écraser sur Terre, Walter tente tant bien que mal de récupérer la totalité de ses facultés.
Épisode 2
L'équipe tente de coincer un criminel de guerre serbe ayant assassiné la famille d'une vieille connaissance de Cabe. Les ennuis de Walter prennent un nouveau tournant.
Épisode 3
Alors qu'il se retrouve derrière les barreaux pour tenter d'en savoir plus sur les manigances d'un groupe de criminels, Sylvester fait rapidement l'objet de menaces.
Épisode 4
Walter, Cabe et Happy embarquent pour une nouvelle mission à bord d'un sous-marin sans moyen de communication avec l'extérieur, quand l'engin s'écrase au fond de l'océan.
Épisode 5
L'unité Scorpion infiltre le tournage d'un film de superhéros dans l'espoir de retrouver un vieux missile soviétique vendu sur le marché noir.
Épisode 6
L'équipe Scorpion voit le lancement de son nouveau projet compromis en découvrant qu'un terrible virus informatique s'est répandu dans son système.
Épisode 7
Paige et Ralph se retrouvent piégés à bord d'un train lancé à pleine vitesse après que des cambrioleurs de haut vol ont saboté les lignes pour mener à bien leur casse.
Épisode 8
L'unité Scorpion vient en aide à la CIA pour tenter de localiser deux agents survolant illégalement une zone militaire classée secret défense.
Épisode 9
L'unité Scorpion et les services secrets infiltrent les Nations Unies pour empêcher un ambassadeur de vendre des armes à des miliciens en lutte contre des rebelles.
Épisode 10
Alors que Walter rend visite à Megan dont la santé se détériore, l'hôpital, qui fait face à une épidémie dévastatrice, est placé en quarantaine.
Épisode 11
L'équipe Scorpion se lance à la recherche d'un jeune hacker menaçant l'économie mondiale après avoir réussi à infiltrer le système informatique de la Réserve fédérale.
Épisode 12
Le soir de Noël, l'équipe tente d'empêcher le pire de se produire alors que des pluies torrentielles menacent les fondations d'un barrage hydraulique.
Épisode 13
Tandis que l'équipe Scorpion brave les températures glaciales de l’Antarctique pour venir en aide à une unité des forces spéciales, Happy se perd dans le brouillard.
Épisode 14
Sylvester tombe nez à nez avec son père qui demande à l'unité Scorpion d'empêcher un dictateur d'utiliser une arme de destruction massive datant de la guerre de 40.
Épisode 15
L'équipe n'est pas au bout de ses surprises lorsqu'une vieille connaissance de la NASA fait appel à ses services pour enquêter sur le lancement raté d'une fusée.
Épisode 16
Lassée de leurs disputes, Paige envoie Walter et Toby suivre une thérapie de couple, tandis qu'un violent séisme ébranle Los Angeles.
Épisode 17
L'unité Scorpion tente d'empêcher des trafiquants mexicains d'utiliser des drones armés pour faire passer leur cargaison d'héroïne de l'autre côté de la frontière.
Épisode 18
Alors que Sylvester participe à l'émission télévisée du Juste Prix, un vieil ami de Cabe informe l'équipe d'une vaste opération de contrebande.
Épisode 19
Quand Walter se retrouve à l'hôpital, l'équipe met au jour un trafic de sang contaminé menaçant la vie des patients.
Épisode 20
Sous prétexte d'installer un système d'audiosurveillance sur une base africaine, Cabe enquête sur les agissements d'un homme d'affaires impliqué dans un trafic illégal.
Épisode 21
Alors que l'équipe s'intéresse à une ceinture de munitions datant de 1971, une tornade dévastatrice vient compliquer leur mission.
Épisode 22
Le Département de la Défense fait appel à l'unité pour tester la sécurité d'une base militaire, quand une surprise de taille vient se mettre en travers de leur chemin.
Épisode 23
L'unité s'aventure à Tchernobyl pour empêcher une nouvelle catastrophe nucléaire, mais les ennuis se multiplient quand Paige et Sylvester se retrouvent pris au piège.
Épisode 24
L'équipe fait face à un ancien membre de l'unité au comportement psychotique, qui menace de s'en prendre à Toby si Walter ne lui laisse pas accéder à ses recherches.
