"The Serpent Queen" raconte l'histoire de Catherine de Médicis qui, contre toute attente, est devenue l'une des souveraines les plus puissantes et celle ayant durée le plus au pouvoir dans l'histoire de la France. L'histoire de Catherine se déroule à travers des flashbacks, alors qu'elle défend ses actions et transmet ce qu'elle a apprise à sa nouvelle servante, Rahima.
Épisode 1
La reine Catherine fait venir une servante, Rahima, et commence à raconter l'histoire de sa vie d'orpheline avant d'être sauvée par son oncle, le pape Clément, qui a négocié son mariage avec le prince Henri, second dans l'ordre de succession au trône de France.
Épisode 2
La jeune Catherine a du mal à assurer son statut et à donner un héritier au trône, car Henri ne s'intéresse qu'à Diane de Poitiers, sa maîtresse. Catherine commence à avoir des visions de l'avenir et réalise qu'il est urgent qu'elle tombe enceinte pour rester dans la maison royale...
Épisode 3
Le jeune prince Henri revient de la guerre avec une nouvelle maîtresse, Filippa, et un bébé. Diane convainc la jeune femme de partir, tandis que Catherine informe un devin, Ruggieri, qu'elle doit tomber enceinte à tout prix. Ruggieri lui donne des conseils mais l'avertit qu'il y aura un prix à payer.
Épisode 4
Catherine continue de raconter son histoire à Rahima, qui lui demande si sa belle-fille, Marie, a des intentions de prétendre au trône comme elle l'a entendu dire. Catherine rejette cette idée et continue son histoire. Catherine est finalement devenue mère, mais lors d'un accouchement difficile, ses jumeaux - les héritiers numéro neuf et dix - ne survivent pas.
Épisode 5
Le roi Henri, à la tête d'une armée s'en va défendre la France et confie à Catherine le rôle de régente en son absence, tandis que Diane insiste pour l'accompagner au front. Lorsque Henri fait savoir à Catherine que les provisions sont en train de s'épuiser et que des fonds supplémentaires sont nécessaires, le Conseil privé ne lui vient pas en aide.
Épisode 6
Catherine fait un rêve dans lequel son mari est mortellement blessé dans un tournoi de joute. Le fils aîné de Catherine et Henri, Francis, qui est promis à Marie depuis qu'ils sont enfants, veut commencer à planifier leur mariage.
Épisode 7
Marie rend visite à Rahima et lui raconte l'histoire de la mort du roi Henri qui s'est produite telle que Catherine l'avait imaginée. Marie pense que la magie noire de Ruggieri en est responsable. Avec l'absence d'Henri, Catherine chasse Diane de la cour, et Marie interdit le protestantisme et exile les Bourbons de la cour.
Épisode 8
Rahima raconte le dernier chapitre de l'histoire de Catherine et, après avoir appris les leçons que celle-ci lui a enseignées, Rahima exige des biens et un titre en échange d'une ultime tromperie qui débarrassera la cour de Marie.